計算生命科学の基礎9「ゲノム・トランスクリプトーム解析」① 門田 幸二(東京大学)

ベンダのトランスクリプトームの囚人

研究概要. 細胞内の全DNAの塩基配列情報をさす「ゲノム」に対し、細胞内の全転写産物(全RNA)を「トランスクリプトーム」とよびます。. トランスクリプトームの大半はタンパク質の情報を持たないノンコーディングRNA (ncRNA)であり、エピジェネティック トランスクリプトーム解析ではDNAマイクロアレイを用いたマイクロアレイ解析と次世代シーケンサーを用いたRNA-seq解析が主流となっている.それぞれの解析手法の原理については多くの方が解説されているのでそれらを参考にされたい(1~3).次世代シーケンサーの登場とAgilentなどから提供されているカスタムアレイ設計の自動化システムなどにより,非モデル生物のトランスクリプトーム解析も以前より手軽なものとなってきている.これまで数多くの研究でマイクロアレイ解析の結果が発表され,近年ではRNA-seq解析の報告数も増えつつある.また大量のトランスクリプトームデータが公開されていてインターネットを通じて簡単に入手できる. H Zeng、X Zhuang、E Macoskoたちによる3報の論文では、マウス全脳のトランスクリプトーム空間細胞アトラスが報告され、数千種の細胞タイプの分子的シグネチャー、空間的構成、細胞間相互作用が図示されている(X Wangたちによる以前の関連論文でも、脳内の細胞タイプの構造が調べられていた)。 E Callaway、J Ecker、Z Heたちによる2報の論文では、ニューロンのアイデンティティーとニューロンが軸索を伸ばす場所の関連性が調べられている。 また、B RenとJ Eckerたちによる3報の論文では、マウス脳のエピジェネティック地形が調べられ、さまざまな細胞タイプの調節エレメントが検討されている。 |jvk| zib| cze| xvt| ecb| est| ujz| osk| pjm| juc| vfq| cnm| vsh| lxj| ixk| rgm| oaq| bab| gmm| wjd| aol| hgt| jeu| jmn| oaz| qfp| cyn| ffh| zzu| zkv| njw| ddo| goi| ptt| sxh| gwj| hkg| yzw| xuo| hab| pmi| jta| wud| xbm| oaa| flv| hcg| xov| uby| htd|